Estimation de la force d’infection d’une maladie à partir de plusieurs enquêtes épidémiologiques transversales : Application à l’hépatite C parmi les usagers de drogues en France

- Estimation de la force d’infection d’une maladie à partir de plusieurs enquêtes épidémiologiques transversales : Application à l’hépatite C parmi les.
- 5 M´ ethodes 12 5.1 G´ en´ eration de la population.
- 5.5 Estimation de la force d’infection (FOI.
- 5.5.1 Mod´ elisation de la force d’infection en fonction de l’ˆ age.
- – Yann LE STRAT de m’avoir accept´ e comme stagiaire et superviser mes recherches.
- – Ghislain NZEZA et Olivia HOTIN de m’avoir accueilli chez eux durant mon s´ ejour en France.
- – Toutes les autorit´ es de l’Institut de la Francophonie pour l’Informatique (IFI) pour cette formation de grande valeur.
- – Tous mes camarades de la promotion 17 de l’IFI pour les bons moments pass´ es ensemble..
- VHC : Virus de l’h´ epatite C.
- VIH : Virus de l’Immunod´ eficience Humaine.
- 1 Evolution des marqueurs de l’ARN du VHC et des anti-VHC.
- 3 Pr´ evalence et FOI de la population total pour les donn´ ees simul´ ees.
- 5 Pr´ evalence et FOI chez les UDI pour les donn´ ees simul´ ees.
- 8 Pr´ evalence et FOI de la population totale pour les donn´ ees r´ eelles.
- 13 Pr´ evalence et FOI de la population totale pour les ´ echantillons g´ en´ er´ es.
- 2 Diff´ erentes variables de la population d’´ etude.
- L’objectif principal de ce travail a ´ et´ e d’estimer la force d’infection de l’h´ epatite C ` a partir de deux enquˆ etes ´ epid´ emiologiques transversales nomm´ ees Coquelicot, men´ ees en 2004 et 2011 par l’InVS et ses partenaires dans une population d’usagers de drogues (UD) en France.
- La force d’infection a ensuite ´ et´ e mod´ elis´ ee suivant un mod` ele compartimental de type SIS, et exprim´ ee comme ´ etant une fonction de la d´ eriv´ ee de la pr´ evalence en fonction de l’ˆ age, du temps, de la s´ eropositivit´ e VIH et le fait d’ˆ etre injecteur ou non, de 2000 ` a 2020.
- • La surveillance et l’observation permanentes de l’´ etat de sant´ e de la population.
- L’InVS dispose d’antennes r´ egionales, les Cellules de l’InVS en R´ egion (Cire), capables de d´ ecliner localement son savoir-faire et de relayer son action.
- Lorsque l’on dispose des donn´ ees issues de plusieurs enquˆ etes transversales, la question de l’estimation d’un indicateur d’int´ erˆ et en fonction du temps se pose naturellement.
- Dans la premi` ere partie nous avons g´ en´ er´ e une population des usagers de drogues au cours d’une p´ eriode de 7 ans dans laquelle le virus de l’h´ epatite C se propage et se diffuse suivant un mod` ele compartimental de type SIS .
- Dans la seconde partie nous avons estim´ e la force d’infection (FOI) comme ´ etant fonction de la d´ eriv´ ee de la pr´ evalence en fonction de l’ˆ age, du temps, de la s´ eropositivit´ e VIH et le fait d’ˆ etre injecteur ou non.
- En France environ 600 000 personnes ´ etaient porteuses du virus de l’h´ epatite C (1% de la population) en 2004 dont plus du tiers ignoraient leur statut.
- La transmission du virus de l’h´ epatite C s’effectue le plus souvent par exposition ` a du sang infectieux par exemple lors d’une transfusion sanguine, de produits sanguins ou d’un greffon contamin´ es, d’injections r´ ealis´ ees avec des seringues contamin´ ees ou blessures par piqˆ ure d’ai- guille en milieu de soins, d’utilisation de drogues injectables ou lors d’une naissance chez une m` ere infect´ ee par l’h´ epatite C..
- L’histoire naturelle de l’infection par le VHC se d´ eroule en trois ´ etapes : (1) la contamination par le VHC entraˆıne une h´ epatite aig¨ ue (infection tr` es r´ ecente), le plus souvent inapparente.
- (2) la persistance de l’infection virale entraˆıne l’apparition de l´ esions d’h´ epatite chronique et le d´ eveloppement d’une fibrose, pouvant aboutir ` a une cirrhose plusieurs d´ ecennies apr` es la date de contamination .
- D´ etection de l’ARN du VHC Non d´ etection de l’ARN du VHC.
- Comme illustr´ e en Figure 1(a), le d´ eroulement de l’infection tr` es r´ ecente d´ ebute par la d´ etection dans le s´ erum d’un marqueur, l’ARN du VHC, 7 ` a 21 jours apr` es la date de contamina- tion.
- Cette s´ eroconversion est majeure pour diagnostiquer une infection tr` es r´ ecente, la positivit´ e de l’ARN ne permettant pas de diff´ erencier une infection tr` es r´ ecente d’une infection chronique.
- La gu´ erison de l’infection tr` es r´ ecente est d´ efinie par la disparition spontan´ ee de d´ etection de l’ARN du VHC dans le s´ erum.
- A l’inverse, la positivit´ e persistante de l’ARN du VHC dans le s´ erum marque l’´ evolution vers une infection chronique [1]..
- L’ARN du VHC reste constamment d´ etectable tout au long de l’´ evolution.
- 1 – Evolution des marqueurs de l’ARN du VHC et des anticorps anti-VHC (Ac Anti VHC) en cas d’infection tr` es r´ ecente (a) ou d’infection chronique (b).
- La pr´ esence d’anticorps contre le virus de l’h´ epatite C indique qu’une personne est ou a ´ et´ e infect´ ee.
- On a recours au test RIBA (recombinant immunoblot assay) et ` a la d´ etection de l’ARN viral pour confirmer le diagnostic.
- Notons aussi que les personnes plus ˆ ag´ ees r´ epondent moins bien ` a la gu´ erison de l’h´ epatite C [8]..
- Ceci peut ˆ etre dˆ u aux g` enes de la personne.
- Transmission de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues injecteurs.
- Les usagers de drogues par injection sont une population particuli` erement ` a risque pour la transmission de l’h´ epatite C [2].
- Contrairement aux essais th´ erapeutiques ou aux ´ etudes ´ evaluant des actions de sant´ e publique, la r´ epartition de l’exposi- tion ` a un facteur dans la population d’´ etude n’est ni contrˆ ol´ ee par l’investigateur ni randomis´ ee..
- La m´ ethode g´ en´ eralis´ ee du partage des poids (MGPP) a permis de tenir compte de l’h´ et´ erog´ en´ eit´ e des UD pour ce qui concerne leur fr´ equentation des structures [10,11]..
- L’objectif de cette enquˆ ete ´ etait d’estimer la s´ eropr´ evalence du VIH et du virus de l’h´ epatite C (VHC) chez les usagers de drogues et de d´ ecrire les comportements et les pratiques ` a risque de ces derniers.
- Il s’agit de personnes souvent inactives (au moment de l’enquˆ ete, 65% ont d´ eclar´ e ne pas travailler) et ayant des conditions de vie pr´ ecaires (seuls 45% ont un logement stable et 19% vivent dans la rue ou dans un squat)..
- de l’ecstasy (26.
- Plus des trois-quarts (79%) des UD ne travaillent pas au moment de l’enquˆ ete.
- Une fois la population ”pop0” obtenue, nous l’avons fait ´ evoluer par des simulations, en tenant compte de plusieurs facteurs expliqu´ es un peu plus loin, suivant un mod` ele compartimental de type SIS (introduit plus loin) o` u le virus de l’h´ epatite C se propage et se diffuse au cours d’une p´ eriode de 7 ans en consid´ erant que la taille de la population varie peu.
- vih statut VIH pour chaque individu (oui/non) injvie statut de l’´ etat d’ˆ etre injecteur (oui/non).
- 2 – Diff´ erentes variables de la population d’´ etude.
- 5.1 G´ en´ eration de la population.
- Pour g´ en´ erer la population initiale d’usagers de drogues, nomm´ ee ”pop0”, de taille n et ayant les mˆ emes caract´ eristiques que celles de l’enquˆ ete en termes de distribution d’ˆ age, de statut VHC, de statut VIH, du fait d’ˆ etre injecteur ou d’avoir des pratiques ` a risque, nous nous sommes servis des r´ esultats de l’enquˆ ete Coquelicot 2004.
- En se basant sur le design de l’enquˆ ete Coquelicot, on suppose que.
- Le mod` ele de r´ egression logistique permet d’estimer la force de l’association entre une variable quantitative ` a deux classes appel´ ee variable d´ ependante et des variables qui peuvent ˆ etre quali- tatives ou quantitatives appel´ ees variables explicatives ou ind´ ependantes.
- De la mˆ eme fa¸ con, on qualifie d’infect´ es les individus infect´ es par le virus.
- 2 – Mod` ele SIS d´ ecrivant la transmission du virus de l’h´ epatite C..
- de l’h´ epatite C.
- Le taux de d´ ec` es est de 2.35% personnes-ann´ ees.
- 5.5 Estimation de la force d’infection (FOI) 5 M ´ ETHODES.
- 5.5 Estimation de la force d’infection (FOI).
- Nous avons estim´ e la force d’infection en l’exprimant en fonction de la d´ eriv´ ee de la pr´ evalence en utilisant des polynˆ omes fractionnaires.
- o` u η(a) est le polynˆ ome fractionnaire de l’ˆ age, c est le coefficient de r´ egression associ´ e au temps et α est une constante (intercept)..
- Calculant la d´ eriv´ ee de la pr´ evalence nous obtenons.
- A un temps t, on note π(a) la pr´ evalence en fonction de l’ˆ age.
- Calculant la d´ eriv´ ee de la pr´ evalence ( 14) on obtient la relation suivante.
- La force d’infection en fonction de l’ˆ age, λ(a) s’exprime alors comme.
- La plus petite valeur de l’AIC est obtenue pour le mod` ele ”logit” et est ´ egale ` a 25841,84 pour le mod` ele qui prend en compte l’ˆ age et l’ann´ ee d’enquˆ ete, de 20134.82 pour le mod` ele.
- Fonction de lien ddl -log vraisemblance D´ eviance AIC Mod` ele en fonction de l’ˆ age et l’ann´ ee d’enquˆ ete.
- Mod` ele en fonction de l’ˆ age, de l’ann´ ee d’enquˆ ete et le fait d’ˆ etre injecteur (oui/non).
- Mod` ele en fonction de l’ˆ age, de l’ann´ ee d’enquˆ ete et la s´ eropositivit´ e VIH (oui/non).
- Les r´ esultats de l’estimation de la pr´ evalence et de l’incidence de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues en France sont pr´ esent´ es dans ce point..
- Sur la Figure 3 sont pr´ esent´ ees la pr´ evalence et la force d’infection du VHC en fonction de l’ˆ age et l’ann´ ee d’enquˆ ete.
- Les Figures 4 et 5 les pr´ esentent en fonction de l’ˆ age, de l’ann´ ee d’enquˆ ete et le fait d’ˆ etre injecteur ou non.
- compte de l’ˆ age, de l’ann´ ee d’enquˆ ete et de la s´ eropositivit´ e VIH (oui/non).
- 3 – A gauche : estimation de la pr´ evalence dans la population totale (2004 : grise et 2011 : noire.
- a droite : estimation de la force d’infection de 2000 ` a 2020..
- 4 – A gauche : estimation de la pr´ evalence chez les UD n’ayant jamais inject´ e au cours de leur vie (2004 : grise et 2011 : noire.
- a droite : estimation de la FOI de 2000 ` a 2020..
- 5 – A gauche : estimation de la pr´ evalence chez UD ayant d´ ej` a inject´ e au moins une fois dans leur vie (2004 : grise et 2011 : noire.
- 6 – A gauche : estimation de la pr´ evalence de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues non infect´ es par le VIH (2004 : grise et 2011 : noire.
- 7 – A gauche : estimation de la pr´ evalence de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues infect´ es par le VIH (2004 : grise et 2011 : noire.
- En utilisant les donn´ ees r´ eelles, la pr´ evalence a ´ et´ e estim´ ee en fonction de l’ˆ age et de l’ann´ ee d’enquˆ ete.
- Les Figures 9 et 10 montrent la pr´ evalence et la force d’infection estim´ ees en fonction de l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete et le fait d’ˆ etre injecteur ou non.
- Enfin les Figures 11 et 12 pr´ esentent la pr´ evalence et la force d’infection en fonction de l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete et la s´ eropositivit´ e VIH (oui/non).
- 8 – A gauche : estimation de la pr´ evalence de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues dans la population totale (2004 : grise et 2011 : noire.
- 9 – A gauche : estimation de la pr´ evalence chez les UD n’ayant jamais inject´ e dans leur vie (2004 : grise et 2011 : noire.
- 10 – A gauche : estimation de la pr´ evalence de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues ayant inject´ e au moins une fois dans leur vie (2004 : grise et 2011 : noire.
- 11 – A gauche : estimation de la pr´ evalence de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues non infect´ e par le VIH (2004 : grise et 2011 : noire.
- 12 – A gauche : estimation de la pr´ evalence de l’h´ epatite C chez les usagers de drogues infect´ es par le VIH (2004 : grise et 2011 : noire.
- Nous pr´ esentons respectivement la pr´ evalence et la force d’infection estim´ ees pour le mod` ele en tenant compte de l’ˆ age et l’ann´ ee d’enquˆ ete (Figure 13), l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete et le fait d’ˆ etre injecteur ou non (Figures 14 et 15), l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete et la s´ eropositivit´ e VIH oui/non (Figures 16 et 17)..
- 13 – A gauche : estimation de la pr´ evalence dans la population totale pour 2000 ´ echantillons (2004 : gris clair et 2011 : gris fonc´ e).
- 14 – A gauche : estimation de la pr´ evalence en fonction de l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete chez les UD qui n’ont jamais inject´ e dans leur vie (2004 : gris clair et 2011 : gris fonc´ e).
- 15 – A gauche : estimation de la pr´ evalence en fonction de l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete chez les UD qui ont d´ ej` a inject´ e au moins une fois dans leur vie (2004 : gris clair et 2011 : gris fonc´ e)..
- 16 – A gauche : estimation de la pr´ evalence en fonction de l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete chez les UD non infect´ es au VIH (2004 : gris l´ eger) et (2011 : gris fort).
- 17 – A gauche : estimation de la pr´ evalence en fonction de l’ˆ age, l’ann´ ee d’enquˆ ete chez les UD infect´ es au VIH (2004 : gris clair et 2011 : gris fonc´ e).
- Nos estimations montrent que la pr´ evalence et la force d’infection d´ ependent de l’ˆ age et du temps.
- La force d’infection a ´ et´ e estim´ ee comme une fonction de la d´ eriv´ ee de la pr´ evalence entre 2000 et 2020.
- Dans la population totale, le pic de la pr´ evalence est atteint autour de 50 ans pour 2004 et 2011.
- Dans le cadre des perspectives, le mod` ele peut ˆ etre am´ elior´ e en consid´ erant les diff´ erents taux de mortalit´ e (µ 1 et µ 2 ) comme d´ ependant de l’ˆ age et du statut VIH.
- Il peut ˆ etre facilement utilis´ e sur des donn´ ees d’enquˆ etes trans- versales du virus de l’h´ epatite C parmi les UD dans d’autres pays sans changements majeurs..
- Virus de l’h´ epatite C