TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP HỒ CHÍ MINH HO CHI MINH CITY UNIVERSITY OF EDUCATION

TẠP CHÍ KHOA HỌC JOURNAL OF SCIENCE

ISSN: KHOA HỌC TỰ NHIÊN VÀ CÔNG NGHỆ NATURAL SCIENCES AND TECHNOLOGY
1859-3100 Tập 16, Số 6 (2019): 160-177 Vol. 16, No. 6 (2019): 160-177
Email: tapchikhoahoc@hcmue.edu.vn; Website: http://tckh.hcmue.edu.vn

HƯỚNG TIẾP CẬN IN SILICO

TRONG QUÁ TRÌNH KHÁM PHÁ KHÁNG SINH MỚI
Lê Anh Vũ1*, Phan Thị Cẩm Quyên2, Nguyễn Thúy Hương1
1
Trường Đại học Bách khoa – ĐHQG TPHCM
2
Trung tâm Giống Kiên Giang
*
Tác giả liên hệ: Lê Anh Vũ – Email: lavu68@gmail.com
Ngày nhận bài: 21-02-2019; ngày nhận bài sửa: 02-42019; ngày duyệt đăng: 18-5-2019

TÓM TẮT
Khám phá kháng sinh mới là một quá trình khó khăn, tốn kém và mất nhiều thời gian. Với số
lượng kháng sinh được phê duyệt ngày càng giảm kết hợp với sự gia tăng đề kháng ở vi khuẩn, cần
thiết phải phát triển một cách tiếp cận hợp lí hơn để tạo điều kiện và thúc đẩy quá trình khám phá
kháng sinh mới. Hiện nay, hướng tiếp cận sử dụng các phương pháp in silico đang đóng vai trò
ngày càng quan trọng trong quá trình này và đã trở thành một phần không thể thiếu trong phần lớn
các chương trình khám phá thuốc. Bên cạnh đó, sự phát triển của các phương pháp in silico ngày
càng được hỗ trợ bởi sự phát triển của các thuật toán và cơ sở công nghệ thông tin. Các công cụ
in silico có thể được áp dụng ở nhiều giai đoạn khác nhau trong quá trình khám phá thuốc: từ lựa
chọn mục tiêu cho đến xác định các phân tử khởi nguồn đến tối ưu hóa. Trong tổng quan này,
chúng tôi đề cập các phương pháp in silico đã được phát triển cho mục đích tìm kiếm các mục tiêu
thuốc mới. Ngoài ra, chúng tôi cũng trình bày những tiến bộ gần đây trong việc áp dụng các
phương pháp khám phá thuốc với sự hỗ trợ của máy tính để phát triển các phân tử kháng sinh mới.
Từ khóa: đề kháng kháng sinh, khám phá kháng sinh mới, khám phá thuốc với sự hỗ trợ của
máy tính, phương pháp in silico, tìm kiếm mục tiêu thuốc mới.

1. Mở đầu
Việc sử dụng các tác nhân hóa trị liệu trong điều trị nhiễm khuẩn vào những năm
1930 đã đánh dấu một trong những đột phá y học quan trọng nhất của thế kỉ XX. Trong
những năm tiếp theo, số lượng các loại kháng sinh được phát hiện ngày càng nhiều, đặc
biệt là giai đoạn từ 1940-1990 (hay còn được gọi là kỉ nguyên vàng của khám phá kháng
sinh), với sự xuất hiện của hầu hết các loại kháng sinh được sử dụng cho đến ngày nay.
Việc ứng dụng các tác nhân này trong điều trị đã góp phần giải quyết nhiều vấn đề về y tế
(Aminov, 2010). Tuy nhiên, đi kèm với các tiện ích trong điều trị là sự đề kháng kháng
sinh đã xuất hiện ở một tốc độ đáng báo động (Ventola, 2015). Vấn đề này ngày càng trở
nên quan trọng khi số lượng những nghiên cứu phát triển các nhóm thuốc thay thế mới
ngày càng giảm (Public Health England, 2015) (Hình 1). Trong một báo cáo bởi
Kmietowicz (2019), hiện chỉ có tám trong số 51 ứng viên kháng sinh đang được thử
nghiệm lâm sàng là có khác biệt đáng kể so với các nhóm kháng sinh hiện có. Vì vậy, tình
trạng kháng kháng sinh đã làm giảm khả năng điều trị nhiều bệnh nhiễm khuẩn và báo hiệu
sự xuất hiện của kỉ nguyên hậu kháng sinh (William, 2016).

160
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

Hình 1. Các mốc khám phá kháng sinh và thời điểm phát hiện đề kháng tương ứng
Hầu hết các kháng sinh trong quá khứ được phát hiện thông qua hướng tiếp cận sàng
lọc và thử nghiệm hệ thống, sau đó thực hiện các biến đổi để tạo các dẫn xuất với nhiều ưu
điểm hơn so với phân tử gốc (Coates & Hu, 2007). Ví dụ, các kháng sinh tự nhiên như
penicillin đã được phát hiện bằng quan sát khoa học (Pelaez, 2006). Các hợp chất này đã
cung cấp các cấu trúc căn bản như acid 6-aminopenicillanic, mà sau đó đã được các nhà
hóa dược sử dụng để tạo các dẫn xuất như amoxicillin (Rolinson & Geddes, 2007). Quá
trình này thường tốn nhiều thời gian, chi phí và nhân lực. Để giảm thiểu các hạn chế trên
trong quá trình khám phá kháng sinh, các nhà nghiên cứu đã sử dụng thành tựu của nhiều
lĩnh vực khoa học khác, trong đó có khoa học máy tính và tin sinh học, để đem đến những
hướng tiếp cận khám phá thuốc hiện đại (Knowles, 1997). Ưu điểm lớn nhất của khám phá
thuốc hiện đại so với các hướng tiếp cận truyền thống là nhà nghiên cứu có thể điều chỉnh
hợp chất quan tâm với các đặc tính mong muốn mà có thể được tính toán trước khi thực
hiện thí nghiệm cụ thể.
Trong số các hướng tiếp cận khám phá thuốc hiện đại, hướng tiếp cận in silico đã
nhận được nhiều sự quan tâm trong hai thập kỉ qua (Wadood et al., 2013). In silico có thể
được định nghĩa là “được thực hiện trên máy tính hoặc thông qua mô phỏng máy tính”.
Ngày nay, các phương pháp in silico đã trở thành một phần quan trọng của quá trình khám
phá thuốc hiện đại do chúng có thể tác động lên nhiều giai đoạn của quy trình này (Allesh
Biosciences Labs, 2009) (Hình 2). Ngoài ra, các phương pháp khám phá thuốc in silico có
vai trò quan trọng trong việc giảm thiểu các thử nghiệm in vivo, để hỗ trợ thiết kế các loại
thuốc an toàn hơn, để xác định lại tác dụng các loại thuốc đã biết (drug repositioning) và để
hỗ trợ các nhà hóa dược ở nhiều bước (thiết kế, phát triển và tối ưu hóa) trong quá trình
khám phá thuốc.

161
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

Hình 2. Tiềm năng ứng dụng của các phương pháp in silico
trong quy trình khám phá thuốc hiện đại
Trong số các phương pháp in silico được sử dụng trong khám phá thuốc, mô hình
hóa pharmacophore, mối quan hệ định lượng giữa cấu trúc và tác dụng sinh học
(Quantitative Structure–Activity Relationship - QSAR) vẫn là những phương pháp dựa
trên phối tử được lựa chọn để sàng lọc ảo hoạt tính của một tập hợp các phối tử. Khi thông
tin về cấu trúc ba chiều (3D) của mục tiêu đã được mô tả, các phương pháp thiết kế thuốc
dựa trên cấu trúc được chọn. Ngược lại, khi chỉ có trình tự acid amin, kĩ thuật mô hình
tương đồng có thể được sử dụng để xây dựng cấu trúc 3D của protein. Một trong những ví
dụ đầu tiên của ứng viên kháng sinh được phát triển theo hướng tiếp cận in silico là mô
hình cấu trúc hợp chất ECO-0501 có hiệu quả chống lại một số vi khuẩn Gram dương
(Banskota et al., 2006). Gần đây, nhiều hợp chất khác được phát triển theo hướng in silico
cũng được đề xuất là các ứng viên kháng sinh đầy hứa hẹn như các chất ức chế quorum
sensing (Kalia, 2013), các chất ức chế yếu tố độc lực (Baron, 2010) và các chất ngăn cản
sự bám dính và tạo khuẩn lạc của vi khuẩn (Cusumano & Hultgren, 2009). Điều này cho
thấy tiềm năng của hướng tiếp cận in silico để phát triển các kháng sinh một cách hiệu quả.
Trong khi sàng lọc thông lượng cao (High-Throughput Screening - HTS) vẫn là nền tảng
chính của nghiên cứu dược phẩm, tỉ lệ thành công của nó trong lĩnh vực phát triển thuốc
kháng khuẩn hiện vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu (Overbye & Barrett, 2005). Vì vậy, khi
những thành tựu công nghệ về tài nguyên phần cứng và phần mềm, thiết kế thuật toán,
cũng như những tiến bộ sinh học trong việc xác định các đối tượng tác động (hay mục tiêu
thuốc) mới đã làm cho các phương pháp in silico trở thành những phương pháp có giá trị
trong giai đoạn đầu của quá trình khám phá thuốc hiện đại.
Trong tổng quan này, chúng tôi trình bày tiềm năng ứng dụng của hướng tiếp cận
in silico trong việc khám phá các kháng sinh mới, trong đó nhấn mạnh vào nội dung tìm
kiếm mục tiêu thuốc (drug target) bằng các công cụ in silico và thiết kế phân tử khởi nguồn
(lead molecule) với sự hỗ trợ của máy tính.
2. Xác định mục tiêu thuốc ở vi khuẩn bằng các phương pháp in silico
Khi cơ sở phân tử của sinh lí bệnh được giải mã, các nghiên cứu khám phá thuốc
cũng đang ngày càng được tập trung vào hướng tiếp cận dựa trên mục tiêu (Lindsay,

162
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

2003). Cách tiếp cận này phản ánh sự thay đổi mô hình từ phương pháp dựa trên phối tử
sang phương pháp dựa trên mục tiêu. Xác định mục tiêu hợp lí là bước đầu tiên trong quy
trình khám phá thuốc. Tuy nhiên, bản thân việc xác định mục tiêu không phải lúc nào cũng
tận dụng những dữ liệu nghiên cứu một cách hợp lí. Nhiều mục tiêu khi đi vào quy trình
nghiên cứu được chọn dựa trên dữ liệu về vai trò của chúng trong một bệnh lí nhất định.
Sau đó, chúng thường được xác nhận thông qua các thử nghiệm in vitro và in vivo tốn
công, tốn thời gian và có tỉ lệ hao hụt cao. Vì vậy, các phương pháp hiện đại hơn là cần
thiết để lựa chọn được các mục tiêu có nhiều khả năng thành công hơn. Hướng tới mục
đích này, các phương pháp in silico có tiềm năng cao trong xác định mục tiêu thuốc đang
được chú ý (Yang, Adelstein, & Kassis, 2009).
2.1. Mục tiêu thuốc tiềm năng
Mục tiêu thuốc có thể định nghĩa là một đại phân tử, thường là một protein, mà thao
tác trên chúng có thể dẫn đến loại bỏ nguyên nhân hoặc làm giảm các triệu chứng gây ra
bởi sinh lí bệnh. Các thao tác chủ yếu đạt được bởi các phân tử nhỏ, mặc dù việc sử dụng
các chất có nguồn gốc sinh học (peptide và kháng thể) đang tăng lên nhanh chóng. Kết quả
của thao tác có thể dẫn đến sự ức chế hoặc tăng cường chức năng tự nhiên của protein mục
tiêu. Mặc dù sự liên quan sinh học là một tiêu chí thiết yếu, nhưng để trở thành một mục
tiêu thuốc tiềm năng, một protein của vi khuẩn thường phải đáp ứng thêm một số tiêu chí:
a) Nó cần thiết cho sự tồn tại của vi khuẩn (ví dụ như chịu trách nhiệm cho sự phân chia tế
bào, trao đổi chất…); b) Mức độ bảo tồn của mục tiêu giữa các loài phải đủ cao, để nó có
thể được sử dụng như một mục tiêu trị liệu phổ rộng; c) Mục tiêu không nên có sự tương
đồng với các protein ở vật chủ với chức năng tương tự để tránh tác động không mong
muốn; d) Mục tiêu phải có thể “dùng thiết kế thuốc” (druggability), nghĩa là một phân tử
phối tử có thể tương tác với vị trí hoạt động và có khả năng thay đổi chức năng sinh học
của nó. Đồng thời, các phân tử phối tử nên có tính chọn lọc cao đối với mục tiêu để giảm
thiểu những tương tác không cần thiết; d) Phân tử mục tiêu phải ổn định về mặt di truyền
và e) Mục tiêu phải hòa tan và đủ ổn định để tạo ra các tinh thể chất lượng cao và nhiễu xạ
tốt, nhằm đáp ứng cho nghiên cứu về tương tác mục tiêu của thuốc. Các yếu tố này là hết
sức quan trọng khi lựa chọn một mục tiêu thuốc phù hợp (Chandra, 2011).
2.2. Ứng dụng của các phương pháp in silico trong xác định mục tiêu thuốc tiềm năng
Hiện nay, thông tin sinh học được lưu trữ trong các tài liệu và cơ sở dữ liệu (CSDL)
trải rộng trên nhiều mức độ khác nhau của tổ chức sinh học. Vì vậy, thông tin dùng để xác
định mục tiêu thuốc có thể đến từ nhiều mức độ (Hình 3). Đối với các vi sinh vật gây bệnh,
so sánh trình tự của chủng gây bệnh với những chủng có trong CSDL trình tự sẽ dễ dàng
xác định được họ và bộ genome/proteome của chúng. Ngoài ra, việc so sánh với các bộ dữ
liệu trình tự giữa các chủng gây bệnh và không gây bệnh sẽ dẫn đến việc xác định các
protein duy nhất có ở chủng gây bệnh (hoặc ít nhất là đủ khác biệt so với các protein có ở
các chủng không gây bệnh), từ đó cung cấp danh sách sơ bộ về các mục tiêu thuốc tiềm

163
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

năng. Do đó, tính đặc hiệu có thể được giải quyết dễ dàng thông qua các phân tích trình tự
bộ gen/protein. Để thiết kế các chất kháng khuẩn phổ rộng, dữ liệu về tính đặc hiệu của
nhóm vi khuẩn thông qua phân tích cây phát sinh loài sẽ cực kì hữu ích để xác định các
mục tiêu thích hợp. Khi có cấu trúc ba chiều hoặc mô hình cấu trúc với độ chính cao, tính
đặc hiệu có thể được giải quyết ở mức độ sâu hơn bằng cách so sánh cấu trúc ba chiều của
protein mục tiêu với các protein khác trong tế bào của chính nó (Blundell et al., 2006).

Hình 3. Các mức độ thông tin sinh học có thể được sử dụng để xác định mục tiêu thuốc
Bên cạnh tính đặc hiệu, các mô hình cấu trúc có thể được sử dụng để phân tích một
tham số quan trọng khác, đó là tính “dùng thiết kế thuốc” (Al‐Lazikani et al., 2008). Dữ
liệu về cấu trúc của protein đích giúp chúng ta ước tính liệu nó có thể liên kết đặc hiệu và
liệu chức năng của nó có thể được thao tác với các phối tử phù hợp hay không. Để thực
hiện điều này, (các) vị trí ràng buộc được xác định và bản chất của vị trí được mô tả.
Những cấu trúc khoang đủ lớn (có khả năng tương tác) và có vị trí ràng buộc ảnh hưởng
đến chức năng của protein sẽ là các mục tiêu tác động tiềm năng của phối tử (Perot,
Sperandio, Miteva, Camproux, & Villoutreix, 2010). Các phương pháp in silico bao gồm
docking phân tử khi đó sẽ có giá trị trong việc ước tính khả năng năng liên kết protein –
phối tử (Chandra, 2011). Một nghiên cứu về proteome vi khuẩn Vancomycin-resistant
Staphylococcus aureus (VRSA) chỉ ra sự hữu ích của các phương pháp in silico cho mục
đích này (Hasan, Alauddin, Al-Amin, Nur, & Mannan, 2016). Bằng cách sử dụng các mô
hình cấu trúc protein của cả tế bào chủ và mầm bệnh, các vị trí tác động có thể được phát
hiện bằng thuật toán dự đoán vị trí ràng buộc và sau đó được so sánh với nhau, từ đó xác
định các protein duy nhất ở VRSA. Cuối cùng, việc kiểm tra tính “dùng thiết kế thuốc”

164
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

được thực hiện tự động bằng các phân tích trình tự. Một phương pháp tương tự cũng đã
được báo cáo, được gọi là phương pháp hóa tin học hệ thống, giúp xác định các mục tiêu
“off-targets” thông qua các vị trí liên kết phối tử (Xie, Xie, & Bourne, 2011).
Sự xuất hiện kháng thuốc là một vấn đề lớn trong điều trị nhiều bệnh, đặc biệt là với
các tác nhân kháng khuẩn. Các chiến lược được đề xuất để chống lại điều này bao gồm
việc sử dụng các protein mục tiêu ít khả năng đột biến và do đó ít bị kháng thuốc hơn (Tan,
Tillett, & McKay, 2000). Các yếu tố độc lực ở vi khuẩn thuộc nhóm này và có thể sử dụng
như các mục tiêu tiềm năng. Ví dụ, bằng cách sử dụng thuật toán để phân tích mạng lưới
chuyển hóa ở vi khuẩn Mycobacterium tuberculosis, các nhà nghiên cứu đã đưa ra giả
thuyết rằng một số protein nhất định có thể đóng vai trò là điểm trung tâm trong việc kích
hoạt sự xuất hiện của kháng thuốc và do đó có thể được nhắm mục tiêu cùng với mục tiêu
chính để ngăn chặn cơ chế kháng thuốc (Raman & Chandra, 2008).
Theo hướng tiếp cận truyền thống, vấn đề an toàn dược phẩm được giải quyết từ đầu
bằng cách biến đổi chính phân tử thuốc đã được phê duyệt. Tuy nhiên, việc lựa chọn cẩn
thận mục tiêu có thể hữu ích trong việc giải quyết vấn đề trên ngay khi bắt đầu quá trình
khám phá thuốc. Ví dụ, để giải quyết vấn đề độc tính, các nhà nghiên cứu có thể so sánh sự
tương đồng của protein mục tiêu ở mầm bệnh với các protein có ở hệ vi sinh vật đường
ruột. Cụ thể, nhóm các mục tiêu tiềm năng có thể được so sánh bằng phương pháp so sánh
trình tự với các protein có CSDL bộ protein của hơn 100 vi sinh vật đường ruột (Raman,
Yeturu, & Chandra, 2008). Những protein có trình tự tương đồng với protein của vi sinh
vật đường ruột sau đó có thể được loại bỏ khỏi quy trình khám phá thuốc. Điều này giúp
cho nhà nghiên cứu tránh thiết kế một loại thuốc sẽ vô tình ức chế protein trong hệ sinh vật
đường ruột mà cần thiết để duy trì chức năng hệ đường ruột bình thường. Một vấn đề quan
trọng khác được giải quyết thông qua so sánh trình tự protein là sự xuất hiện của độc tính
do vô tình ràng buộc với các “anti-targets”. Các protein như chất vận chuyển và bơm, làm
thay đổi tính khả dụng sinh học của thuốc bằng tác động “efflux” của chúng hoặc các
protein gây ra tác dụng phụ nguy hiểm, như protein hERG được xem là “anti-targets” (Vaz
& Klabunde, 2008). Do đó, có thể sử dụng phương pháp phân tích in silico để chọn một
mục tiêu sao cho nó đủ khác biệt so với các protein thuộc nhóm “anti-targets”. Bằng cách
xem xét các khía cạnh này, nguy cơ thất bại của các ứng viên thuốc trong các giai đoạn
khám phá thuốc sau đó có thể được giảm thiểu.
Đã có đề xuất rằng cách tiếp cận hợp lí hơn cho khám phá mục tiêu thuốc sẽ là xác
định các tổ hợp protein thường thấy trong các kiểu hình bệnh, thay vì cách tiếp cận thông
thường là tác động một mục tiêu – một thời điểm (Hopkins, 2008). Ví dụ thực tế cho cách
tiếp cận này là thực hành lâm sàng rộng rãi trong việc kê đơn phối hợp kháng sinh cho
nhiều bệnh nhiễm khuẩn. Vì vậy, các phân tích ở cấp độ hệ thống rất hữu ích trong việc
xác định các kết hợp mục tiêu thuốc tối ưu (Raman, Vashisht, & Chandra, 2009). Các
CSDL chứa các thông tin như vậy đang chứng minh là tài nguyên hữu ích cho các nhà

165
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

khoa học trong lĩnh vực này. CSDL Tropical Disease Research (Agüero et al., 2008) dùng
để dự đoán khả năng “dùng thiết kế thuốc” của protein mục tiêu ở vi khuẩn là một ví dụ
như vậy.
3. Khám phá kháng sinh với sự hỗ trợ của máy tính
Những đột phá khoa học trong hai thập kỉ qua đã cách mạng hóa lĩnh vực nghiên cứu
và phát triển dược phẩm. Các phương pháp truyền thống như HTS ngày càng được sử dụng
kết hợp với các chiến lược mới dựa vào các lĩnh vực như hóa sinh học, mô hình hóa phân
tử và đặc biệt là các lĩnh vực “omic” (genomic, transcriptomic, proteomic và
methablomic). Những cách kết hợp này đã thúc đẩy đáng kể các khám phá về những quá
trình sinh học quan trọng và hỗ trợ định hình tương lai ngành dược phẩm. Bên cạnh đó,
việc tích hợp các phương pháp này đã dẫn đến sự tăng trưởng theo cấp số nhân của dữ liệu
hóa học và sinh học (Bảng 1), dẫn đến sự gia tăng về mức độ phức tạp của quy trình
nghiên cứu và phát triển thuốc. Do đó, các nghiên cứu và phát triển thuốc hiện đã tập trung
vào việc phát triển các phương pháp tính toán để rút ra ý nghĩa từ những dữ liệu này và mô
phỏng các hiện tượng quan trọng liên quan đến hoạt tính của thuốc, tính chất dược động
học (Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion - ADME) cũng như độc tính.
Bảng 1. Các cơ sở dữ liệu sử dụng cho mục đích sàng lọc ảo
Cơ sở dữ liệu Mô tả Địa chỉ truy cập
CSDL của các phân tử nhỏ có chứa http://www.bindingdb.org/bind/index
BindingDB 910.836 dữ liệu liên kết cho 6263 mục .jsp
tiêu protein và 378.980 phân tử nhỏ
CSDL này cung cấp thông tin toàn https://www.ebi.ac.uk/chembldb/
diện về 1 triệu hợp chất hoạt tính sinh
ChEMBL
học (phân tử nhỏ như thuốc) với 8200
mục tiêu thuốc
Chứa hơn 28 triệu thực thể hóa học http://www.chemspider.com/
ChemSpider được thu thập từ hơn 400 nguồn dữ
liệu đa dạng
CSDL chứa 8312 mục thuốc bao gồm http://www.drugbank.ca/
2036 loại thuốc phân tử nhỏ được FDA
phê chuẩn, 233 loại thuốc công nghệ
DrugBank
sinh học (protein/peptide) được FDA
phê chuẩn, 93 loại dược phẩm và hơn
6000 loại thuốc thử nghiệm
HIT là một CSDL toàn diện cho các http://lifecenter.sgst.cn/hit/
mục tiêu protein cho các loại thuốc
HIT được FDA chấp thuận cũng như các
tiền chất đầy hứa hẹn. Hiện tại nó chứa
khoảng 1301 mục tiêu protein đã biết

166
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

(221 protein được mô tả là mục tiêu

trực tiếp)
CSDL chứa thông tin chi tiết về các http://www.hmdb.ca/
HMDB chất chuyển hóa được tìm thấy trong
cơ thể con người
CSDL cung cấp thông tin toàn diện về http://www.ebi.ac.uk/pdbesrv/pdbech
PDBeChem phối tử, phân tử nhỏ và monome. Hiện em/
tại nó bao gồm 15.502 phối tử.
CSDL chứa thông tin lâm sàng của https://www.pharmgkb.org/
PharmGKB
thuốc
Pubchem CSDL thông tin các phân tử hóa học https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
CSDL này chứa khoảng 2500 cấu trúc http://bioinf.charite.de/superdrug/
SuperDrug
3D của các thuốc thiết yếu
CSDL về các sản phẩm tự nhiên chứa http://bioinfapplied.charite.de/supern
SuperNatural
50.000 hợp chất tự nhiên. atural_new/index.php
CSDL dùng để xác định và ưu tiên các http://tdrtargets.org/
TDR mục tiêu thuốc và/hoặc thuốc ở vi
khuẩn.
CSDL này chứa 21 triệu hợp chất và http://zinc.docking.org/
ZINC
tính chất hóa lí của chúng

Giá trị của việc sử dụng các chiến lược in silico đã được chứng minh bằng số lượng
báo cáo ngày càng tăng về phát hiện ra các phân tử khởi nguồn đầy triển vọng; nhiều phân
tử trong đó đã được đưa vào thử nghiệm lâm sàng và một số đã tiếp cận thị trường. Thông
thường, các chiến lược in silico trong khám phá thuốc (hay còn gọi là khám phá thuốc với
sự hỗ trợ của máy tính) kết hợp các phương pháp khám phá thuốc dựa trên phối tử và cấu
trúc với rất nhiều kĩ thuật phân tích được áp dụng (Hình 4). Phương pháp được sử dụng
rộng rãi hơn là khám phá thuốc dựa trên cấu trúc, bao gồm docking phân tử, mô hình
tương đồng, động lực phân tử và sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc đã cung cấp những dữ liệu
về tương tác thụ thể -– phối tử. Quan trọng không kém là các phương pháp dựa trên phối tử
như mô hình hóa pharmacophore, QSAR và sàng lọc ảo dựa trên phối tử đã được sử dụng
để khám phá CSDL phân tử và xác định mối tương quan giữa tính chất hóa học và hoạt
tính dược lí của các phân tử này.

167
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

Hình 4. Tổng quan quy trình thiết kế thuốc với sự hỗ trợ của máy tính
3.1. Các phương pháp khám phá thuốc dựa trên cấu trúc
Ứng dụng chính của cấu trúc protein trong phát triển thuốc là xác định cấu trúc của
protein trong phức hợp với một hợp chất (phối tử), nhằm cải thiện ái lực của phối tử với
những biến đổi hóa học dựa trên phối tử hiện có. Điều này thường được thực hiện với
thông tin cấu trúc ba chiều của protein bao quanh phối tử, bao gồm các gốc cho và nhận
hydro, lõi kị nước và các túi (pocket) lân cận gần vị trí liên kết phối tử. Các nhà hóa dược
sử dụng những thông tin này để thiết kế và tổng hợp các dẫn xuất của phối tử ban đầu, sau
đó thử nghiệm hoạt tính ức chế (hoặc tăng cường). Cách tiếp cận này được gọi là thiết kế
thuốc dựa trên cấu trúc (Structure-Based Drug Design - SBDD) và là cách tiếp cận sử dụng
cấu trúc protein được biết đến nhiều nhất (Hình 5). Ngoài ra, còn có nhiều phương pháp và
biến thể khác sử dụng cấu trúc protein trong việc phát hiện và phát triển các hợp chất mới,
bao gồm sàng lọc dựa trên kĩ thuật tinh thể tia X và/hoặc cộng hưởng từ hạt nhân (Nuclear
Magnetic Resonance – NMR) (Grinter & Zou, 2014). Đã có những nghiên cứu thảo luận về
các kĩ thuật và công nghệ của SBDD, cũng như việc áp dụng phương pháp SBDD đối với sự
phát triển của các phân tử thuốc mới (Ferreira, Dos Santos, Oliva, & Andricopulo, 2015;
Wang, Song, Li, & Chen, 2018). Một số ứng dụng gần đây của các phương pháp dựa trên cấu
trúc để phát triển các tác nhân kháng khuẩn được thảo luận dưới đây.

168
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

Hình 5. Tóm tắt quy trình sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc
(Lionta, Spyrou, Vassilatis, & Cournia, 2014)
 Avibactam, chất ức chế enzyme β-lactamase mới
Một trong những nhóm kháng sinh được sử dụng phổ biến nhất là β-lactam – ức chế
tổng hợp thành tế bào vi khuẩn – bao gồm các dẫn xuất penicillin (penam), cephalosporin
(cephem), monobactam và carbapenem. Sự phát triển của tình trạng kháng kháng sinh đã
thúc đẩy nghiên cứu các phân tử mới nhằm hạn chế sự đề kháng. Cơ chế chính của sự
kháng β-lactam là biểu hiện quá mức của β-lactamase làm phân hủy các kháng sinh. Theo
đó, một chiến lược được sử dụng để hạn chế sự kháng thuốc gây ra bởi β-lactamase là phối
hợp thuốc ức chế β-lactamase cùng với kháng sinh β-lactam để ngăn chặn sự thoái hóa của
kháng sinh (Harris, Tambyah, & Paterson, 2015). Sự kết hợp mới của chất ức chế
β-lactamase/β-lactam đang được phát triển và sáu loại thuốc mới có chứa chất ức chế
β-lactamase đã được báo cáo. Nổi bật trong số này là avibactam, với cơ chế hoạt động đã
được mô tả trong nhiều nghiên cứu in silico cấu trúc của avibactam liên kết với
β-lactamase nhóm A, C và D (Lahiri et al., 2015). Avibactam liên kết với vị trí hoạt động
được bảo tồn cao của β-lactamase với vòng bicyclic có cấu dạng giống vòng β-lactam.
Trong cấu trúc lớp C, hợp chất sulfamite của avibactam được xem là thay thế một phân tử
nước chịu trách nhiệm cho quá trình thủy phân β-lactam. Các cấu trúc trong cấu dạng đóng
– mở vòng của avibactam cho thấy vòng mở duy trì vị trí gần với trung tâm phản ứng cho
phép tái đóng vòng và giải phóng kháng sinh được tái hoạt hóa khỏi β-lactamase. Cơ chế
này tạo ra hiệu quả và thời gian bán hủy kéo dài của avibactam (Karpiuk & Tyski, 2013).
 Phát hiện các chất ức chế enzyme gyrase mới
Các kháng sinh nhóm fluoroquinolone đã được sử dụng trong điều trị nhiễm khuẩn
từ lâu bằng cách nhắm mục tiêu vào DNA gyrase của vi khuẩn. Tuy nhiên, sự xuất hiện
của tình trạng kháng kháng sinh đã thúc đẩy những khám phá mới trong việc xác định các
hợp chất không chứa quinolone và 5 hợp chất như vậy hiện đang được thử nghiệm lâm
sàng (Staker, Buchko, & Myler, 2015). Những nghiên cứu dựa trên mảnh (fragment-based)
đã được tiến hành để đưa “scaffold-hop” ra khỏi lõi quinolone hoặc nhắm vào các phần
khác của enzyme, ví dụ như miền ATPase. AstraZeneca (Basarab et al., 2013) gần đây đã

169
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

sử dụng phương pháp SBDD dựa trên cấu trúc của một mảnh để phát triển một phân tử
khởi nguồn mà đã thể hiện hoạt tính kháng khuẩn trên động vật thử nghiệm. Hợp chất này
khắc phục các đột biến kháng thuốc ở Streptococcus pneumoniae bằng cách liên kết trong
miền ParE ATPase của enzyme gyrase. Một số nghiên cứu trước đó của AstraZeneca cũng
đã công bố sự phát triển của các “scaffold” bổ sung thông qua sàng lọc dựa trên NMR và
cấu trúc tinh thể tia X của các mảnh liên kết với miền GyrB ATPase ở Staphylococcus
aureus (Eakin, 2012). Brvar et al. (2012) cũng đã sử dụng các phương pháp in silico để xác
định một số phân tử khởi nguồn dựa trên cấu trúc miền GyrB ATPase của Escherichia coli
trong tổ hợp với clorobiocin (một hợp chất tự nhiên). Các phương pháp SBDD sau đó đã
được sử dụng để làm sáng tỏ cơ chế liên kết và xác nhận cơ chế liên kết giả thuyết của
phân tử khởi nguồn.
 Cấu trúc từ các loài ortholog có thể được sử dụng làm cấu trúc thay thế khi áp dụng
SBDD
Việc phát hiện ra các loại thuốc mới và “scaffold” hóa học mới thường được thực
hiện bằng các cấu trúc có sẵn; tuy nhiên, nhiều cấu trúc được quan tâm (nhất là các protein
màng) thường không có sẵn trong các CSDL. Trong trường hợp đó, các nhà nghiên cứu có
thể sử dụng dữ liệu cấu trúc của mục tiêu từ một loài ortholog làm mô hình thay thế. Trong
một nghiên cứu như vậy, Baugh et al. (2014) đã tiến hành so sánh 106 cặp cấu trúc protein
giữa M. tuberculosis với các loài mycobacteria không điển hình (NTM - nontuberculous
mycobacteria). Các cấu trúc có ở NTM với độ tương đồng trình tự >55% đã cho thấy cấu
dạng hoạt động tương tự. Trong khi đó, các cấu trúc ở mức độ tương đồng >85% cho thấy
sự giống nhau trong vị trí hoạt động của enzyme. Trong một nghiên cứu khác, Kling et al.
(2015) đã phân tích cấu trúc liên kết phối tử của griselimycin (một hợp chất tự nhiên) liên
kết với DnaN ở cả M. tuberculosis và M. smegmatis theo cấu dạng giống hệt nhau. Ngoài
ra, Shirude et al. (2013) cũng đã sử dụng cấu trúc protein GyrB từ M. smegmatis để xác
nhận cấu dạng liên kết của các phối tử tiềm năng thu được từ quá trình sàng lọc thông
lượng cao (HTS) và sau đó phát triển phân tử khởi nguồn có hoạt tính chống M.
tuberculosis.
3.2. Phương pháp QSAR dựa trên phối tử
Mối quan hệ định lượng giữa cấu trúc và tác dụng sinh học (QSAR) là một phương
pháp thiết kế thuốc dựa trên phối tử được phát triển hơn 50 năm trước bởi Hansch và Fujita
(Neves et al., 2018). Từ đó đến nay, QSAR vẫn là một phương pháp hiệu quả để xây dựng
các mô hình toán học nhằm cố gắng tìm mối tương quan có ý nghĩa thống kê giữa cấu trúc
hóa học và thuộc tính sinh học/độc tính bằng cách sử dụng kĩ thuật hồi quy và phân loại
(Cherkasov et al., 2014). Trong hai thập kỉ qua, QSAR đã trải qua một số biến đổi, từ số
chiều của các mô tả phân tử (từ 1D đến nD) và các phương pháp khác nhau để tìm mối
tương quan giữa cấu trúc hóa học và tính chất sinh học. Ban đầu, mô hình QSAR được giới
hạn trong một số nhỏ các hợp chất có cùng tính chất và phương pháp hồi quy đơn giản.

170
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

Ngày nay, mô hình QSAR đã được đa dạng hóa và phát triển từ các bộ dữ liệu rất lớn bao
gồm hàng ngàn cấu trúc hóa học đa dạng và sử dụng nhiều kĩ thuật học máy (machine
learning) khác nhau (Hình 6) (Cherkasov et al., 2014; Goh, Hodas, & Vishnu, 2017). Dưới
đây, chúng tôi thảo luận về một số ứng dụng thành công của sàng lọc ảo dựa trên QSAR để
khám phá các phân tử khởi nguồn mới trong điều trị nhiễm khuẩn và tối ưu hóa các hợp
chất này.

Hình 6. Tổng quát quy trình thực hiện QSAR

(Nantasenamat, Isarankura-Na-Ayudhya, Naenna, & Prachayasittikul, 2009)
 Dẫn xuất heteroaryl chalcone
Mycobacterium tuberculosis, tác nhân gây bệnh lao và là nguyên nhân gây ra cái chết
của khoảng 1,6 triệu người mỗi năm (WHO, 2018). Phác đồ điều trị bệnh này kéo dài trong
9 tháng, điều này thường dẫn đến sự không tuân thủ và do đó, xuất hiện vi khuẩn đa kháng
thuốc (AlMatar, AlMandeal, Var, Kayar, & Köksal, 2017). Nhằm mục đích thiết kế các
hợp chất chống lao mới, nhóm nghiên cứu của Gomes et al. (2017) đã sử dụng các mô hình
QSAR để thiết kế loạt dẫn xuất chalcone. Đầu tiên, dữ liệu tất cả các hợp chất chalcone có
hoạt tính in vitro chống lại chủng M. tuberculosis H37Rv được trích xuất từ các CSDL.
Sau khi tiền xử lí, các dữ liệu này đã được sử dụng để phân tích mối quan hệ cấu trúc –
hoạt tính (Structure-Activity Relationship - SAR). Dựa trên các quy tắc SAR, các thay đổi
“bioisosteric” đã được áp dụng để thiết kế các dẫn xuất chalcone mới với hoạt tính chống
vi khuẩn lao được tối ưu hóa. Song song đó, các mô hình 2D-QSAR được tạo ra bằng cách
sử dụng một số phương pháp học máy. Sử dụng các mô hình này, một số dẫn xuất
chalcone với dự đoán hoạt tính tốt nhất đã được tổng hợp và đánh giá hoạt tính sinh học.
Kết quả cho thấy năm heteroaryl chalcone với nhóm thế 5-nitro thể hiện giá trị MIC ở
nồng độ nM chống lại vi khuẩn mycobacteria có sao chép, cũng như hoạt tính ở nồng độ
µM chống lại vi khuẩn mycobacteria không sao chép. Ngoài ra, bốn trong số các hợp chất
này có hoạt tính mạnh hơn kháng sinh isoniazid tiêu chuẩn. Các hợp chất trên cũng cho
thấy độc tính tế bào thấp đối với các vi khuẩn hội sinh và tế bào động vật có vú. Những kết

171
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

quả này cho thấy rằng heteroaryl chalcone được thiết kế với sự trợ giúp của các mô hình
QSAR là những ứng viên đầy tiềm năng trong phát triển hợp chất điều trị lao.
 Dẫn xuất benzimidazole
Benzimidazole là một cấu trúc hữu ích để nghiên cứu và phát triển các phân tử dược
phẩm mới. Do hoạt tính kháng khuẩn của chúng, các dẫn xuất benzimidazole đã được tổng
hợp và nghiên cứu cho các ứng dụng y tế. Nhiều dẫn xuất của benzimidazole nổi tiếng là
tác nhân kháng khuẩn chống lại cả vi khuẩn Gram dương và Gram âm. Vị trí và loại của
các nhóm thế trên vòng benzimidazole chịu trách nhiệm cho sự đa dạng của hoạt tính sinh
học. Vì vậy, nghiên cứu sự kết hợp của hạt nhân benzimidazole là một chiến lược quan
trọng trong khám phá kháng sinh (Sukhbir & Deepika, 2011; Prajapat et al., 2018). Một
nghiên cứu QSAR đã được thực hiện cho một tập hợp 12 dẫn xuất của benzimidazole để
dự đoán tương quan hoạt tính kháng khuẩn chống lại vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa.
Phương pháp hồi quy tuyến tính đa biến được sử dụng để chọn các đặc điểm cấu trúc phân
tử và tạo ra mô hình tương quan tốt nhất với hoạt tính ức chế. Khả năng dự đoán của mô
hình được ước tính bằng xác nhận chéo với phương pháp leave-one-out (Sammut & Webb,
2011). Kết quả của nghiên cứu cho thấy một mô hình QSAR dựa trên các đặc điểm gồm
tính ưa nước và năng lượng hydrat hóa cho thấy chất lượng tốt nhất của mô hình QSAR
được tạo. Đồng thời, mức độ tương quan cao giữa các giá trị ức chế dự đoán và thử nghiệm
đã chứng minh các dẫn xuất 1-benzylbenzimidazole xây dựng theo phương pháp QSAR có
hiệu quả in vitro chống lại vi khuẩn gram âm P. aeruginosa (Podunavac-Kuzmanović
Sanja & Cvetković Dragoljub, 2011).
4. Kết luận
Khi sự đề kháng của vi khuẩn đối với các loại kháng sinh truyền thống tiếp tục gia
tăng, nhu cầu về các lựa chọn thay thế mới ngày càng trở nên cấp thiết. Các chương trình
sàng lọc thông lượng cao tìm kiếm các loại kháng sinh mới ngày càng ít được thực hiện, và
do đó các hướng tiếp cận mới là cần thiết để cung cấp các hoạt chất sử dụng trong điều trị
nhiễm khuẩn. Hướng tiếp cận sử dụng các phương pháp in silico là một trong những cách
tiếp cận như vậy, và hoạt động nghiên cứu sử dụng các phương pháp in silico đã tăng trưởng
mạnh trong hai thập kỉ qua. Tương tự, việc sử dụng các phương pháp in silico trong giai đoạn
đầu của quy trình khám phá thuốc đã trải qua sự phát triển tương tự trong những năm gần đây.
Sự gia tăng cấu trúc với độ phân giải cao của protein vi khuẩn, cùng với các chương trình máy
tính nhanh hơn, chính xác hơn, đã kết hợp lại để tạo điều kiện thuận lợi cho việc thiết kế hợp
lí các hợp chất kháng khuẩn như đã đề cập trong tổng quan này.
Mặc dù có rất nhiều mục tiêu có thể sử dụng để mang lại triển vọng trong phát triển
các loại kháng sinh mới, nhưng cần có những nghiên cứu cơ bản về con đường chuyển hóa,
mô hình gây bệnh và cơ chế kháng thuốc để có thể lựa chọn được một mục tiêu phù hợp từ
những bước đầu tiên. Bên cạnh đó, việc đánh giá hiệu quả của các hợp chất mới này đôi
khi cần phải có các điều kiện gần giống với điều kiện sinh lí của mầm bệnh, trái ngược với

172
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

các thử nghiệm ức chế tăng trưởng đơn giản vốn sử dụng cho khám phá kháng sinh truyền
thống, và vì vậy sẽ làm gia tăng chi phí và thời gian đánh giá. Tuy nhiên, lĩnh vực nghiên
cứu thuốc kháng khuẩn sử dụng các phương pháp in silico vẫn sẽ là công cụ không thể
thiếu trong khám phá kháng sinh hiện đại và chắc chắn sẽ có những đột phá trong thời gian
tới cùng với sự phát triển không ngừng của công nghệ thông tin hiện đại.

 Tuyên bố về quyền lợi: Các tác giả xác nhận hoàn toàn không có xung đột về quyền lợi.
 Lời cảm ơn: Bài viết này được tài trợ bởi Trường Đại học Bách khoa – Đại học Quốc gia
Thành phố Hồ Chí Minh trong khuôn khổ đề tài mã số TNCS-KTHH-2017-12.

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Agüero, F., Al-Lazikani, B., Aslett, M., Berriman, M., Buckner, F. S., Campbell, R. K.,…
Verlinde, C. L. (2008). Genomic-scale prioritization of drug targets: the TDR Targets
database. Nature Reviews. Drug Discovery, 7(11), 900-907. doi:10.1038/nrd2684
Al‐Lazikani, B. , Gaulton, A. , Paolini, G. , Lanfear, J. , Overington, J. & Hopkins, A. (2008). The
Molecular Basis of Predicting Druggability. In Bioinformatics‐From Genomes to Therapies,
T. Lengauer (Ed.). doi:10.1002/9783527619368.ch36
Allesh Biosciences Labs. (2009). Discovery solutions. Retrieved May 15, 2019, from
http://www.allesh.com/solutions.html
AlMatar, M., AlMandeal, H., Var, I., Kayar, B., & Köksal, F. (2017). New drugs for the treatment
of Mycobacterium tuberculosis infection. Biomedicine & Pharmacotherapy, 91, 546-558.
doi:10.1016/j.biopha.2017.04.105
Aminov, R. I. (2010). A brief history of the antibiotic era: lessons learned and challenges for the
future. Frontiers in Microbiology, 1, 134. doi:10.3389/fmicb.2010.00134
Banskota, A. H., McAlpine, J. B., Sørensen, D., Ibrahim, A., Aouidate, M., Piraee, M., …
Zazopoulos, E. (2006). Genomic analyses lead to novel secondary metabolites. The Journal
of Antibiotics, 59, 533-542. doi:10.1038/ja.2006.74
Baron, C. (2010). Antivirulence drugs to target bacterial secretion systems. Current Opinion in
Microbiology, 13, 100-105. doi:10.1016/j.mib.2009.12.003
Basarab, G. S., Manchester, J. I., Bist, S., Boriack-Sjodin, P. A., Dangel, B., Illingworth, R., …
Eakin, A. E. (2013). Fragment-to-hit-to-lead discovery of a novel pyridylurea scaffold of
ATP competitive dual targeting type II topoisomerase inhibiting antibacterial agents. Journal
of Medicinal Chemistry, 56(21), 8712-8735. doi:10.1021/jm401208b
Baugh, L., Phan, I., Begley, D. W., Clifton, M. C., Armour, B., Dranow, D. M., … Myler, P. J.
(2014). Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets. Tuberculosis
(Edinburgh, Scotland), 95(2), 142-148. doi:10.1016/j.tube.2014.12.003
Blundell, T. L., Sibanda, B. L., Montalvão, R. W., Brewerton, S., Chelliah, V., Worth, C. L., …
Burke, D. (2006). Structural biology and bioinformatics in drug design: opportunities and
challenges for target identification and lead discovery. Philosophical transactions of the
Royal Society of London. Series B, Biological sciences, 361(1467), 413-423.
doi:10.1098/rstb.2005.1800

173
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

Brvar, M., Perdih, A., Renko, M., Anderluh, G., Turk, D., & Solmajer, T. (2012). Structure-based
discovery of substituted 4,5'-bithiazoles as novel DNA gyrase inhibitors. Journal of
Medicinal Chemistry, 55(14), 6413-6426. doi:10.1021/jm300395d
Chandra, N. (2011). Computational approaches for drug target identification in pathogenic
diseases. Expert Opinion on Drug Discovery, 6(10), 975-979.
doi:10.1517/17460441.2011.611128
Chandra, N., Anand, P., & Yeturu, K. (2010). Structural bioinformatics: deriving biological
insights from protein structures. Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences, 2,
347-366. doi:10.1007/s12539-010-0045-6
Cherkasov, A., Muratov, E. N., Fourches, D., Varnek, A., Baskin, I. I., Cronin, M.,… Tropsha, A.
(2014). QSAR modeling: where have you been? Where are you going to?. Journal of
medicinal chemistry, 57(12), 4977-5010. doi:10.1021/jm4004285
Coates, A. R., & Hu, Y. (2007). Novel approaches to developing new antibiotics for bacterial
infections. British Journal of Pharmacology, 152(8), 1147-1154. doi:10.1038/sj.bjp.0707432
Cusumano, C. K., & Hultgren, S. J. (2009). Bacterial adhesion—A source of alternate antibiotic
targets. IDrugs - The Investigational Drugs Journal, 12, 699-705.
Eakin, A. E., Green, O., Hales, N., Walkup, G. K., Bist, S., Singh, A.,… Sherer, B. (2012).
Pyrrolamide DNA gyrase inhibitors: fragment-based nuclear magnetic resonance screening
to identify antibacterial agents. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 56(3), 1240-1246.
doi:10.1128/AAC.05485-11
Ferreira, L. G., Dos Santos, R. N., Oliva, G., & Andricopulo, A. D. (2015). Molecular docking and
structure-based drug design strategies. Molecules (Basel, Switzerland), 20(7), 13384-13421.
doi:10.3390/molecules200713384
Goh, G. B., Hodas, N. O., & Vishnu, A. (2017). Deep learning for computational chemistry.
Journal of Computational Chemistry, 38, 1291-1307. doi:10.1002/jcc.24764
Gomes, M. N., Braga, R. C., Grzelak, E. M., Neves, B. J., Muratov, E., Ma, R.,… Andrade, C. H.
(2017). QSAR-driven design, synthesis and discovery of potent chalcone derivatives with
antitubercular activity. European Journal of Medicinal Chemistry, 137, 126-138.
doi:10.1016/j.ejmech.2017.05.026
Grinter, S. Z., & Zou, X. (2014). Challenges, applications, and recent advances of protein-ligand
docking in structure-based drug design. Molecules (Basel, Switzerland), 19(7), 10150-10176.
doi:10.3390/molecules190710150
Harris, P. N, Tambyah, P. A., & Paterson, D. L. (2015). β-lactam and β-lactamase inhibitor
combinations in the treatment of extended-spectrum beta-lactamase producing
Enterobacteriaceae: time for a reappraisal in the era of few antibiotic options? The Lancet
Infectious Diseases, 15(4), 475-485. doi:10.1016/S1473-3099(14)70950-8
Hasan, M. A., Alauddin, S. M., Al-Amin, M., Nur, S. M., & Mannan, A. (2016). Identification of
putative drug targets in Vancomycin-resistant Staphylococcus aureus (VRSA) using
computer aided protein data analysis. Gene, 575(1), 132-143.
doi:10.1016/j.gene.2015.08.044
Hopkins, A. L. (2008). Network pharmacology: the next paradigm in drug discovery. Nature
Chemical Biology, 4, 682-690. doi:10.1038/nchembio.118

174
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

Kalia, V. C. (2013). Quorum sensing inhibitors: An overview. Biotechnology Advances, 31, 224-
245. doi:10.1016/j.biotechadv.2012.10.004.
Karpiuk, I., & Tyski, S. (2013). Looking for the new preparations for antibacterial therapy. II.
Clinical trials; new beta-lactam antibiotics and beta-lactamase inhibitors. Przeglad
Epidemiologiczny, 67(1), 51-56.
Kling, A., Lukat, P., Almeida D. V., Bauer, A., Fontaine, E., Sordello, S.,… Müller, R. (2015).
Antibiotics. Targeting DnaN for tuberculosis therapy using novel griselimycins. Science,
348(6239), 1106-1112. doi:10.1126/science.aaa4690
Kmietowicz, Z. (2017). Few novel antibiotics in the pipeline, WHO warns. BMJ, 358, j4339.
doi:10.1136/bmj.j4339
Knowles, D. J. C. (1997). New strategies for antibacterial drug design. Trends in Microbiology, 5,
379-383. doi:10.1016/S0966-842X(97)01128-1
Lahiri, S. D., Mangani, S., Jahić, H., Benvenuti, M., Durand-Reville, T. F., De Luca, F.,…
Docquier, J. D. (2015). Molecular basis of selective inhibition and slow reversibility of
avibactam against class D carbapenemases: a structure-guided study of OXA-24 and OXA-
48. ACS Chemical Biology, 10(2), 591–600. doi:10.1021/cb500703p
Lindsay, M. A. (2003). Target discovery. Nature Reviews Drug Discovery, 6, 831-838. doi:
10.1038/nrd1202
Lionta, E., Spyrou, G., Vassilatis, D. K., & Cournia, Z. (2014). Structure-based virtual screening
for drug discovery: principles, applications and recent advances. Current Topics in
Medicinal Chemistry, 14, 1923. doi:10.2174/1568026614666140929124445
Nantasenamat, C., Isarankura-Na-Ayudhya, C., Naenna, T., & Prachayasittikul, V. (2009). A
practical overview of quantitative structure-activity relationship. World Journal of Pharmacy
and Pharmaceutical Sciences, 5(2), 427-437. doi:10.17877/DE290R-690
Neves, B. J., Braga, R. C., Melo-Filho, C. C., Moreira-Filho, J. T., Muratov, E. N., & Andrade, C.
H. (2018). QSAR-Based Virtual Screening: Advances and Applications in Drug
Discovery. Frontiers in Pharmacology, 9, 1275. doi:10.3389/fphar.2018.01275
Overbye, K. M., & Barrett, J. F. (2005). Antibiotics: Where did we go wrong? Drug Discovery
Today, 10, 45–52. doi:10.1016/S1359-6446(04)03285-4
Pelaez, F. (2006). The historical delivery of antibiotics from microbial natural products—can
history repeat. Biochemical Pharmacology, 71, 981–990. doi:10.1016/j.bcp.2005.10.010
Perot, S., Sperandio, O., Miteva, M. A., Camproux, A. C., & Villoutreix, B. O. (2010). Druggable
pockets and binding site centric chemical space: a paradigm shift in drug discovery. Drug
Discovery Today, 15, 656-667. doi:10.1016/j.drudis.2010.05.015
Podunavac-Kuzmanović Sanja, O., & Cvetković Dragoljub, D. (2011). QSAR modeling of
antibacterial activity of some benzimidazole derivatives. Chemical Industry & Chemical
Engineering Quarterly, 17(1), 33-38.
Prajapat, P., Kumawat, M., Talesara, G. L., Kalal, P., Agarwalb, S., & Kapoor, C. S. (2018).
Benzimidazole scaffold as a versatile biophore in drug discovery: A review. Chemistry &
Biology Inteface, 8(1), 1-10.
Public Health England. (2015). Health matters: antimicrobial resistance. Retrieved May 15, 2019,
from https://www.gov.uk/government/publications/health-matters-antimicrobial-resistance

175
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Tập 16, Số 6 (2019): 160-177

Raman, K., & Chandra, N. (2008). Mycobacterium tuberculosis interactome analysis unravels potential
pathways to drug resistance. BMC Microbiology, 8, 234. doi:10.1186/1471-2180-8-234
Raman, K., Vashisht, R., & Chandra, N. (2009). Strategies for efficient disruption of metabolism in
Mycobacterium tuberculosis from network analysis. Molecular Omics, 5, 1740-1751.
doi:10.1039/B905817F
Raman, K., Yeturu, K., & Chandra, N. (2008). targetTB: a target identification pipeline for
Mycobacterium tuberculosis through an interactome, reactome and genome-scale structural
analysis. BMC Systems Biology, 2, 109. doi:10.1186/1752-0509-2-109.
Rolinson, G. N., & Geddes, A. M. (2007). The 50th anniversary of the discovery of 6-
aminopenicillanic acid (6-APA). International Journal of Antimicrobial Agents, 29, 3–8.
doi:10.1016/j.ijantimicag.2006.09.003
Sammut C., & Webb, G. I. (2011). Leave-One-Out Cross-Validation. Encyclopedia of Machine
Learning. Springer, Boston, MA. doi:10.1007/978-0-387-30164-8_469
Shirude, P. S., Madhavapeddi, P., Tucker, J. A., Murugan, K., Patil, V., Basavarajappa, H.,…
Sambandamurthy, V. K. (2013). Aminopyrazinamides: novel and specific GyrB inhibitors
that kill replicating and non-replicating Mycobacterium tuberculosis. ACS Chemical Biology,
8(3), 519-523. doi:10.1021/cb300510w
Staker, B. L., Buchko, G. W., & Myler, P. J. (2015). Recent contributions of structure-based drug
design to the development of antibacterial compounds. Current Opinion in Microbiology, 27,
133-138. doi:10.1016/j.mib.2015.09.003
Sukhbir, K., & Deepika, C. (2011). Benzimidazole an important scaffold in drug discovery. Asian
Journal of Biochemical and Pharmaceutical Research, 3(1), 476-486.
Tan, Y. T., Tillett, D. J., & McKay, I. A. (2000). Molecular strategies for overcoming antibiotic
resistance in bacteria. Molecular Medicine Today, 6, 309-314.
Vaz, R. J., & Klabunde, T. (2008). Antitargets: prediction and prevention of drug side effects.
Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KgaA, Weinheim, Germany.
Ventola, C. L. (2015). The antibiotic resistance crisis: part 1: causes and threats. P & T : a Peer-
Reviewed Journal for Formulary Management, 40(4), 277-283.
Wadood, A., Ahmed, N., Shah, L., Ahmad, A., Hassan, H., & Shams, S. (2013). In silico drug
design: An approach which revolutionarised the drug discovery process. OA Drug Design
and Delivery, 1(1), 3. doi:10.13172/2054-4057-1-1-1119
Wang, X., Song, K., Li, L., & Chen, L. (2018). Structure-based drug design strategies and
challenges. Current Topics in Medicinal Chemistry, 18, 998.
doi:10.2174/1568026618666180813152921
WHO. (2018). Tuberculosis. Retrieved May 15, 2019, from http://www.who.int/news-room/fact-
sheets/detail/tuberculosis
Williams, D. N. (2016). Antimicrobial resistance: are we at the dawn of the post-antibiotic era? The
Journal of the Royal College of Physicians of Edinburgh, 46(3), 150-156.
doi:10.4997/JRCPE.2016.302
Xie, L., Xie, L., & Bourne, P. E. (2011). Structure-based systems biology for analyzing off-target
binding. Current Opinion in Structural Biology, 21, 189-199. doi:10.1016/j.sbi.2011.01.004
Yang, Y., Adelstein, S. J., & Kassis, A. I. (2009). Target discovery from data mining approaches.
Drug Discovery Today, 14, 147-154. doi:10.1016/j.drudis.2008.12.005

176
TẠP CHÍ KHOA HỌC - Trường ĐHSP TPHCM Lê Anh Vũ và tgk

IN SILICO APPROACH IN NOVEL ANTIBIOTIC DISCOVERY PROCESS

Le Anh Vu1*, Phan Thi Cam Quyen2, Nguyen Thuy Huong1
1
Hochiminh City University of Technology – VNUHCM
2
KienGiang Seed Research Center
*
Corresponding author: Le Anh Vu – Email: lavu68@gmail.com
Ngày nhận bài: 21-02-2019; ngày nhận bài sửa: 02-4-2019; ngày duyệt đăng: 18-5-2019

ABSTRACT
Discovering new antibiotic candidates is a very challenging, expensive, and time consuming
process. Due to the steady decline in the number of approved antibiotics and the increase antibiotic
resistance, a rational approach is needed to facilitate and expedite the antibiotic discovery
process. Nowadays, in silico approach plays an increasingly important role in this process and has
become an integral part of most drug discovery programs. In addition, the development of in silico
methods is increasingly supported by the development of algorithms and information technology
infrastructures. In silico tools can be applied at different stages: from target selection to hit
identification and optimization. In this review the authors aim to provide an overview of major in
silico methods that have been developed for the search of novel drug. In addition, the authors also
present recent advance in the application of computer aided drug discovery methods in the
development of antibiotic lead molecules.
Keywords: antibiotics resistance, computer-aided drug discovery, drug targets identification,
in silico methods, new antibiotics development.

177