- Giống bạch đàn lai UG24 (Eucalyptus urophylla x E. - ADN tổng số được tách chiết từ các mẫu lá của UG24 và được sử dụng để nhân bản các đoạn gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2 bằng kỹ thuật PCR. - Các trình tự này sau đó được so sánh với các trình tự trên Ngân hàng gen Quốc tế (NCBI). - Kết quả đã chỉ ra rằng giống Bạch đàn lai UG24 (E. - Bạch đàn lai UG24 (E. - Trong nghiên cứu này, chúng tôi lựa chọn năm đoạn trình tự để sử dụng làm mã vạch ADN là: matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2.. - Các đoạn trình tự này đều có tính đặc trưng cao cho loài, có thể đem lại kết quả khả quan. - Đối tượng nghiên cứu: cây Bạch đàn lai UG24 (E. - Trình tự các cặp mồi rbcL (rP1F:. - GTTATGCATGACGTAATGCTC) với nhiệt độ gắn mồi 50 o C, kích thước đoạn gen dự kiến khoảng 600 bp). - TTCCATGGTTTTTTGAGGATCCGCTGT), kích thước đoạn gen dự kiến khoảng 700 bp);. - TAGAATTCCCCGGTTCGCTCGCCGTTAC), kích thước đoạn gen dự kiến khoảng 600 bp. - Các mẫu ADN tổng số này được dùng để nhân bản các đoạn gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2 bằng kỹ thuật PCR trên máy PCR 9700. - Sau khi tinh sạch sản phẩm PCR được đọc trình tự tại công ty 1st Base (Malaysia).. - Trình tự nucleotide của đoạn ADN được xử lý, phân tích bằng các phần mềm chuyên dụng như Bioedit, ADNClub, Biohit, MegaX.... - Trình tự nucleotide của các đoạn gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2 được so sánh trên Ngân hàng gen Quốc tế (NCBI) để tìm ra các loài tương đồng. - Xây dựng cây phát sinh chủng loại của từng đoạn gen bằng phương pháp Maximum Likelihood (ML), tính khoảng cách di truyền bằng phần mềm megaX.. - ADN tổng số tách chiết từ các mẫu lá của cây Bạch đàn lai UG24 được sử dụng làm khuôn để nhân bản các đoạn gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2 bằng kỹ thuật PCR với cặp mồi đặc hiệu. - Ảnh điện di các đoạn gen trnH-psbA, matK, rbcL, ITS2, ITS của UG24 Kết quả PCR sau khi kiểm tra bằng điện di. - Sản phẩm PCR các đoạn mã vạch ADN ở hình 01 cũng cho thấy không có băng ADN phụ xuất hiện, như vậy sản phẩn PCR rất đặc hiệu, sau khi tinh sạch có thể sử dụng trực tiếp các sản phẩm này để xác định trình tự nucleotide.. - Kết quả xác định và phân tích trình tự nucleotide của đoạn mã vạch ADN. - Trình tự ADN trên gen rcbL. - Kết quả xác định trình tự nucleotide đoạn gen rbcL cho thấy cả 3 mẫu UG24.1. - UG24.3 đều cho ra kết quả trình tự giống nhau.. - Sau khi xử lý các đoạn ADN bị nhiễu đoạn gen rbcL có kích thước 687 bp như hình 2.. - Trình tự DNA trên đoạn gen rbcL Các trình tự này sau đó được so sánh với các. - trình tự trên ngân hàng gen quốc tế NCBI để tìm ra sự khác biệt ở cấp độ loài. - trình tự gen tương đồng dùng so sánh với giống Bạch đàn lai được trình bày ở bảng 1.. - Một số loài có trình tự đoạn rbcL tương đồng với giống Bạch đàn lai trên NCBI. - Cây phân loại dựa vào trình tự trên đoạn rbcL tạo bởi ML. - Khoảng cách di truyền (p-distance) của giống Bạch đàn lai với các loài khác thu được. - Khoảng cách di truyền của giống Bạch đàn lai với các loài khác của đoạn rbcL UP95 UP35 E.grandis E.urophylla E.baxteri UG24. - Từ cây phân loại dựa trên số liệu trình tự đoạn gen rbcL kết hợp với khoảng cách di truyền và hệ số tương đồng của giống Bạch đàn lai với các loài khác ta thấy: giống Bạch đàn lai mà chúng tôi nghiên cứu có trình tự gen giống 100% với đoạn gen của loài E.. - Trình tự đoạn gen matK. - Kết quả xác định trình tự nucleotide đoạn gen matK cho thấy cả 3 mẫu đều cho ra kết quả trình tự giống nhau. - Sau khi xử lý đoạn gen matK có kích thước 449 bp như hình 4.. - Trình tự DNA trên đoạn gen matK Các trình tự này sau đó được xử lý trên. - trình tự gen tương đồng với giống Bạch đàn lai được trình bày ở bảng 3.. - Một số loài có trình tự đoạn matK tương đồng với giống Bạch đàn lai trên NCBI. - tìm ra mối quan hệ của giống Bạch đàn lai với. - Cây phân loại dựa vào trình tự trên đoạn matK tạo bởi ML Khoảng cách di truyền (p-distance) của giống Bạch đàn lai với các loài khác như bảng 4.. - Khoảng cách di truyền của giống Bạch đàn lai với các loài khác của đoạn matK UP95 UP35 E. - Từ cây phân loại dựa trên số liệu trình tự đoạn gen matK kết hợp với khoảng cách di truyền và hệ số tương đồng của giống Bạch đàn lai với các loài khác ta thấy: giống Bạch đàn lai mà chúng tôi nghiên cứu có trình tự gen giống 100% với đoạn gen của loài E.. - Trình tự DNA trên gen trnH-psbA Kết quả xác định trình tự nucleotide đoạn gen trnH-psbA cho thấy cả 3 mẫu đều cho ra kết quả trình tự giống nhau. - Sau khi xử lý đoạn gen trnH-psbA có kích thước 383 bp như hình 6.. - Trình tự DNA trên đoạn gen TrnH-psbA. - Các trình tự này sau đó được xử lý trên ngân hàng gen quốc tế NCBI để tìm ra sự khác biệt ở cấp độ loài và các loài. - trình tự gen tương đồng với giống Bạch đàn lai được trình bày ở bảng 5.. - Một số loài có trình tự đoạn trnH-psbA tương đồng với loài Bạch đàn lai trên NCBI. - Cây phân loại dựa vào trình tự trên đoạn trnH-psbA tạo bởi ML. - Khoảng cách di truyền (p-distance) của giống Bạch đàn lai với các loài khác như bảng 6.. - Từ cây phân loại dựa trên số liệu trình tự đoạn gen trnH-psbA kết hợp với khoảng cách di truyền và hệ số tương đồng của giống Bạch đàn lai với các loài khác ta thấy: giống Bạch đàn lai UG24 có trình tự gen giống 97,92% với đoạn gen của loài E. - với đoạn gen của loài E. - Trình tự DNA trên đoạn ITS. - Kết quả xác định trình tự nucleotide đoạn gen ITS cho thấy cả 3 mẫu đều cho ra kết quả. - trình tự giống nhau. - Sau khi xử lý đoạn gen ITS có kích thước 564 bp như hình 8.. - Trình tự DNA trên đoạn gen ITS Các trình tự này sau đó được xử lý trên. - trình tự gen tương đồng với giống Bạch đàn lai được trình bày ở bảng 7.. - Một số loài có trình tự đoạn ITS tương đồng với giống Bạch đàn lai trên NCBI. - Cây phân loại dựa vào trình tự trên đoạn ITS tạo bởi ML. - Khoảng cách di truyền (p-distance) của giống Bạch đàn lai với các loài khác thể hiện ở bảng 8.. - Khoảng cách di truyền của giống Bạch đàn lai với các loài khác của đoạn ITS UP95 UP35 E.viminalis E.urophylla UG24 E.grandis. - Từ cây phân loại dựa trên số liệu trình tự đoạn gen ITS kết hợp với khoảng cách di truyền và hệ số tương đồng của giống Bạch đàn lai với các loài khác ta thấy: giống Bạch đàn lai mà chúng tôi nghiên cứu có trình tự gen giống 99,47% với đoạn gen của loài UP95 với khoảng cách di truyền là 0,0054 và có quan hệ xa hơn với loài E. - Trình tự DNA trên đoạn ITS2. - Kết quả xác định trình tự nucleotide ITS2 cho thấy cả 3 mẫu đều cho ra kết quả trình tự giống nhau. - Sau khi xử lý đoạn gen ITS có kích thước 178 bp như hình 10.. - Trình tự DNA trên đoạn gen ITS2 Các trình tự này sau đó được xử lý trên. - trình tự gen tương đồng với giống Bạch đàn lai được trình bày ở bảng 9.. - Khoảng cách di truyền của giống Bạch đàn lai với các loài khác của đoạn ITS2. - Cây phân loại dựa vào trình tự trên đoạn ITS2 tạo bởi ML. - Khoảng cách di truyền (p-distance) của giống Bạch đàn lai với các loài khác như trong bảng 10.. - Khoảng cách di truyền của giống Bạch đàn lai với các loài khác của đoạn ITS2 UP95 UP35 E.viminalis E.grandis UG24 E.urophylla. - E.urophylla Từ cây phân loại dựa trên số liệu trình tự. - đoạn gen ITS2 kết hợp với khoảng cách di truyền và hệ số tương đồng của giống Bạch đàn lai với các loài khác ta thấy: giống Bạch đàn lai mà chúng tôi nghiên cứu có trình tự gen giống 98,88% với đoạn gen của loài UP95 với khoảng cách di truyền là 0,0114 và có quan hệ xa hơn với loài E. - Dựa vào kết quả so sánh trình tự 5 đoạn gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2 của Bạch đàn lai UG24 với trình tự gen của loài E.. - urophylla công bố trên ngân hàng gen quốc tế NCBI ta lập được bảng so sánh đoạn trình tự như bảng 11.. - So sánh trình tự của các đoạn gen giữa Bạch đàn lai UG24 và E. - Tên đoạn gen rbcL matK trnH-psbA ITS ITS2. - Kích thước trình tự . - Kết quả cho thấy: trình tự đoạn gen rbcL, matK có tỷ lệ sai khác là 0%, trình tự đoạn gen ITS có tỷ lệ sai khác là 2,24%, trình tự đoạn gen ITS2 có tỷ lệ sai khác là 2,69% và trình tự đoạn gen trnH-psbA có tỷ lệ sai khác cao nhất là 3,08%. - Như vậy, tỉ lệ sai khác của trình tự đoạn gen trnH-psbA là cao nhất (3,08%) do đó khả năng phân biệt loài của đoạn gen trnH- psbA cũng là tốt nhất. - Hơn nữa, kết quả cũng cho thấy tỉ lệ sai khác của trình tự đoạn gen rbcL, matK là thấp nhất (0%) đồng nghĩa với khả năng định danh loài tốt nhất khi so sánh giống Bạch đàn lai (E. - urophylla ở bảng 11 cho thấy: Tỉ lệ sai khác, khoảng cách di truyền của trình tự đoạn gen rbcL là thấp nhất (0%) và hệ số tương đồng cao nhất là 100%. - Vì vậy, đoạn gen rbcL. - Tỉ lệ sai khác, khoảng cách di truyền của đoạn gen trnH-psbA là cao nhất (3,08%) và hệ số tương đồng thấp nhất là 97,92%. - Thêm vào đó, với đoạn gen trnH-psbA đã phân biệt được hai dòng UP35 (Eucalyptus urophylla x Eucalyptus pellita) và UP95 (Eucalyptus urophylla x Eucalyptus pellita) có khoảng cách di truyền là 0,0151 và hệ số tương đồng 98,81%. - Vì vậy, đoạn gen trnH-psbA có khả năng sử dụng để phân biệt dòng tốt nhất nhất cho giống Bạch đàn lai UG24. - Mặc dù vậy, cách tốt nhất là sử dụng đồng thời cả 5 đoạn trình tự gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2 để có thể xác định chính xác nhất loài cần định danh.. - Trước đây năm 1999 chỉ thị đoạn gen ITS đã được sử dụng để phân loại cho 35 loài Bạch đàn khác nhau (Steane D.A. - gen nhân ITS và 6 đoạn gen ở lục lạp (rbcL, matK, matK-trnK, trnG-psbK, psbK-psbl, psbA-matK) phân loại thành công 6 loài Bạch đàn (Eucalyptus) sinh trưởng ở Mexico (Fladung M. - Như vậy, đối với các loài Bạch đàn thì các chỉ thị ADN mã vạch của các đoạn gen nhân ITS và các đoạn chỉ thị ở lục lạp như rbcL, matK, trnH-psbA là hoàn toàn tin cậy và có độ phân loại cao.. - Đã nhân gen thành công các đoạn gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2 bằng kỹ thuật PCR. - Trình tự nucleotide của các đoạn mã vạch đã được xác định: Đoạn matK có kích thước là 449 bp, rbcL là 687 bp, trnH-psbA là 336 bp, ITS là 564 bp, và đoạn ITS2 là 178 bp.. - Các trình tự này sau đó được xử lý trên Ngân hàng gen Quốc tế (NCBI) đã chỉ ra rằng Giống bạch đàn lai UG24 (E. - grandis với các tỷ lệ tương đồng 100% của đoạn gen rbcL, 99,55% của đoạn gen matK, 98,23% của đoạn gen ITS, 98,31%. - của đoạn gen ITS2, 87,43% của đoạn gen trnH-psbA. - Bằng công cụ BLAST trên NCBI đã so sánh trình tự các đoạn matK, rbcL, trnH- psbA, ITS và ITS2 của giống Bạch đàn lai UG24 (E. - urophylla tìm ra được tỉ lệ sai khác của trình tự đoạn gen trnH-psbA là cao nhất với 3,08% và tỉ lệ sai khác của trình tự đoạn gen rbcL là thấp nhất (0. - Đoạn gen trnH-psbA phân biệt được hai dòng UP35 (Eucalyptus urophylla x Eucalyptus pellita) và UP95 (Eucalyptus urophylla x Eucalyptus pellita) có khoảng cách di truyền là 0,0151 và hệ số tương đồng 98,81%
Xem thử không khả dụng, vui lòng xem tại trang nguồn hoặc xem
Tóm tắt